조총련 주관의 학교를 일컫는 조선학교에 대해, 한국 국적의 동포 다수가 수업받고 있으므로 한국 정부에서 지원해야 한다는 견해도 있다. 그러나 조총련 활동의 근거지가 조선학교라는 점을 감안하면 신중한 접근이 필요하다. 교원 인사나 교육 내용은 철저하게 조총련의 방침에 따르기 때문이다. 다만 우리말 교육을 시킬 곳이 절대적으로 부족하고 재일동포 사회의 화합을 위해서, 운영난을 겪는 조총련계 학교를 민단에서 인수하거나 공동 운영도 모색할 수 있다. 섣부른 조선학교 지원보다 이를 대체할 올바른 민족 공동체 교육 체계 수립이 우선이어야 한다. 한편 일본 정부의 고교 무상화 대상에서 조선학교가 제외되고 지방정부의 보조금도 감소하자, 여타 외국인 학교와의 차별이라며 법적 소송이 전개되었다. 그러나 이는 문제 많은 조총련의 활동을 도외시한 채 사안을 교육문제로만 단순화시킨 것이다.

 2010년 3월 26일 천안함 피격과 11월 23일 연평도 포격을 두고, 조총련은 북한 주장을 두둔했다. 이를 계기로 일본 정부는 2010년 12월 26일 고교 무상화 적용 대상에서, 조총련이 운영하는 학교를 제외하였다. 북한의 지원이 줄어든 데 이어 일본 정부 방침으로 이들 학교의 운영이 어려워지자, 한국과 일본의 일부 시민단체가 지원에 나서기도 했다. 2020년 기준 재일본대한민국민단 소속 재일동포는 30여만 명, 조총련 회원 동포는 약 4만여 명 정도로 추산된다. 1975년 재일동포 고국 방문 사업의 성공과 한국 사회 발전이 조총련 회원의 이탈로 이어졌다. 민단은 동포들의 민족 정체성 유지와 일본 현지 적응화라는 과제를 안고 있다. 재일동포 사회의 형성은 일제 식민통치의 부당한 산물이다. 징병 징용 취업으로 해방 당시 200만여 명에 달했던 재일동포 중에 귀국하지 못한 이들은 약 65만 명 정도이다.

 민단계 학교와 조선학교의 교과나 언어는 사뭇 다르다. 민단계는 도쿄의 동경한국학교만 각종학교이고 오사카의 건국학교와 금강학원, 교토의 교토국제중고교는 일본 학교교육법 제1조에 해당하는 제1조학교이다. 각종학교는 자체 학습지도안으로 수업하는 비정규 학교이다. 그러나 제1조학교는 일본 문부성의 교육방침을 준수하고 검인정 교과서를 사용하므로, 일본어로 수업한다. 따라서 일본 정부의 공식 방침에 영향을 받을 수밖에 없다. 물론 제1조학교에서도 별도의 한국역사와 한국어 교육을 실시한다. 조총련계인 조선학교들은 모두 각종학교로서 상대적으로 일본 정부의 영향에서 자유롭다. 이곳에서는 북한 표준어인 조선어와 북한의 시각으로 기술된 ‘조선력사’를 배운다. 조선학교에 한국 국적의 학생들이 다수인 것은, 북한이 일본의 수교 대상이 아니고 재일동포의 원적이 남한인 경우가 많기 때문이다.

 우리말 수업과 민족 정체성 교육은 민단계 학교보다 조총련계 학교가 앞섰다. 그러나 북한체제 교육으로 시각의 편향과 지체가 심각하다. 교육 내용은 한국인으로서의 자의식과 일본 거주 세계시민이라는 보편의 사고가 조화되어야 한다. 이 점에서 민단계나 조총련계 양쪽의 교육기관이 모두 부족하다. 조총련의 행태를 비판하여 민단계 학교를 보낼 경우 한국어 교육과 역사의식이 부실하다. 어쩔 수 없이 조총련계 학교를 다니면 종북과 낙후된 이념의 교조에 함몰된다. 조선학교 숫자가 민단계 학교를 압도하는 이유는 역대 한국 정부의 무관심과 미미한 지원 때문이다. 이와 반해 북한은 조총련을 내세워 조선학교에 지속적으로 경제 지원과 체제 선전을 해왔다. 조선학교가 시대착오의 북한체제와 연계되는 한 무조건의 옹호는 바람직하지 않다. 균형 잡힌 시각으로 한국 정부가 재일동포 교육에 적극 나서야 한다.